Священномученик Иоанн родился 6 мая 1877 года в городе Москве в семье диакона Василия Янушева.
После окончания в 1897 году Московской Духовной семинарии Иван Васильевич поступил в Казанскую Духовную академию, которую окончил в 1902 году.
В 1903 году Иван Янушев поступил псаломщиком в Архангельский собор Московского Кремля, а 18 мая 1908 года был определен во священника в Спасский собор Москвы.
22 сентября 1917 года отец Иоанн был перемещен священноначалием в Благовещенский собор Кремля, а 7 (20) мая назначен исполняющим обязанности сакеллария этого собора.
После закрытия советской властью всех кремлевских соборов и монастырей отец Иоанн был назначен настоятелем храма в честь святителя Спиридона Тримифунтского, расположенного на улице Спиридоновке за Никитскими воротами. В этом храме отец Иоанн служил до его закрытия и разрушения. 1 августа 1930 года священноначалием он был назначен служить в храм Рождества Христова, что в Палашах.
За усердное пастырское служение священник Иоанн Янушев в 1920 году был удостоен сана протоиерея, в 1924 году награжден палицей, в 1927 году крестом с украшением.
В 1935 году протоиерей Иоанн Янушев был назначен в храм Успения Пресвятой Богородицы в поселке Вешняки.
16 ноября 1937 года отец Иоанн был арестован и заключен в Таганскую тюрьму в городе Москве. 23 ноября начались допросы.
— В Царской армии служили? — спросил следователь.
— Нет.
— Вы были судимы?
— Да, я судился в 1937 году за крещение ребенка без согласия родителей и присужден к одному году принудительных работ. Кассационная коллегия меня оправдала.
— Следствие располагает материалом, который вас изобличает как контрреволюционера, ведущего пропаганду против существующего советского строя. Признаете ли это?
— Нет, я это не признаю.
— Следствие от вас требует искренних показаний о вашей контрреволюционной деятельности, дайте по этому вопросу показания.
— Я контрреволюционной деятельности никакой не проводил.
— В предъявленном вам обвинении виновным себя признаете?
— Виновным себя не признаю.
1 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу.
Протоиерей Иоанн Янушев был расстрелян 8 декабря 1937 года на полигоне Бутово под Москвой и погребен в безвестной общей могиле.
Причислен к лику святых Новомучеников Российских постановлением Священного Синода 17 июля 2002 года для общецерковного почитания.